Marijnissen doorliep de jeugdopleiding van NAC en kwam uiteindelijk tot één wedstrijd in het eerste elftal. Na RKSV Rood-Wit en Zwarte Leeuw (België) streek de Bredanaar in 2019 neer bij zondaghoofdklasser RKSV Halsteren. Sinds augustus 2020 was hij te bewonderen in de kleuren van Kozakken Boys.

In zijn eerste seizoen bij Kozakken Boys, dat na vijf competitieduels en één bekerduel werd stopgezet door de coronapandemie, wist Marijnissen in zes wedstrijden éénmaal tot scoren te komen en gaf hij één assist. Afgelopen seizoen was Marijnissen één van de meest effectieve spelers van Kozakken Boys, met veertien doelpunten en vijf assists in 37 wedstrijden.

Met het vertrek van Marijnissen verliest Kozakken Boys een waardevolle speler, maar de stap hogerop is de aanvaller van harte gegund. Kozakken Boys wenst Thomas Marijnissen veel succes en geluk toe bij NAC Breda en in de verdere toekomst.